Nació en Nimega, Holanda en 1521. A los 19 años, consiguió la licenciatura en teología, y para complacer a su padre se dedicó a especializarse en abogacía. Sin embargo, tras realizar algunos Ejercicios Espirituales con el Padre Favro, que era compañero de San Ignacio, se entusiasmó por la vida religiosa, hizo votos o juramento de permanecer siempre casto, y prometió a Dios hacerse jesuita.

Fue admitido en la comunidad y los primeros años de religioso los pasó en Colonia, Alemania, dedicado a la oración, el estudio, la meditación y la ayuda a los pobres. Fue muy caritativo y amable con las personas que le discutían, pero tremendo e incisivo contra los errores de los protestantes.

San Pedro Canisio tenía una especial cualidad para resumir las enseñanzas de los grandes teólogos y presentarlas de manera sencilla para que el pueblo pudiese entender. Logró redactar dos Catecismos, uno resumido y otro explicado. Estos dos libros fueron traducidos a 24 idiomas y en Alemania se propagaron por centenares y millares.

En los treinta años de su incansable labor de misionero recorrió treinta mil kilómetros por Alemania, Austria, Holanda e Italia. Parecía incansable, y a quien le recomendaba descansar un poco le respondía: "Descansaremos en el cielo".

Por muchas ciudades de Alemania fue fundando colegios católicos para formar religiosamente a los alumnos. Además, ayudó a fundar numerosos seminarios para la formación de los futuros sacerdotes. Alemania, después de San Pedro Canisio, era más católico. San Pedro Canisio se dio cuenta del inmenso bien que hacen las buenas lecturas. se propuso formar una asociación de escritores católicos.

Estando en Friburgo el 21 de diciembre de 1597, después de haber rezado el santo Rosario, exclamó lleno de alegría y emoción: "Mírenla, ahí esta. Ahí está". Y murió. La Virgen Santísima había venido para llevárselo al cielo.

El Sumo Pontífice Pío XI, después de canonizarlo, lo declaró Doctor de la Iglesia, en 1925.